愛なら仕方ない。#bioinformatics & #genomics 研究者 #Biotech #StartUp 企業顧問 #SingleCell #RNAseq #QuartzSeq2 #RamDAseq CC BY-ND 発言は個人見解 @dritoshien

Ochanomizu, Wako, and Kobe
Joined May 2007
「scRepli-RamDA-seq」を発表! 平谷研(RIKEN)のscRepli-seq、竹林研(三重大)の核酸分離、我々のscRamDA-seqを融合させた「日本発」技術の結晶です。1細胞から高解像度DNA複製プロファイルと完全長Total RNAを同時取得するマルチオミクス技術です nature.com/articles/s41467-0…
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ヘムによるエレボーシスの制御。 神戸大博士学生の森川くんの力作。歴代のラボメンと京極氏の超絶技によりハエ腸から生細胞をピックし、@dritoshi @nanoplanarian によるRamDA-seqからヘムに着目し、ヘムの役割を明らかにした。暗黒の細胞死の機構の一端death💀(続編に続く) journals.plos.org/plosbiolog…
食餌中の栄養素が、種類関係なくその総量によって細胞質の流動性を制御することで、エレボーシスを制御。関学修士の中村さんの仕事。アミノ酸の効果を突き詰めていくと、細胞質流動性しか考えられない、という結論。人生初めて、リバイズ原稿がエディター判断で即アクセプト pnas.org/doi/10.1073/pnas.26…
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生命科学の知識ベースを自然言語で検索可能にする基盤システム「TogoMCP」に関する論文がDatabase誌に掲載されました dbcls.rois.ac.jp/ja/2026/07/…
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『AIエージェントを使いこなす はじめてのバイオインフォマティクス開発作法』v0.5.0を公開しました。 プログラミング教育を受けていない人が、Claude Opus 5/Codex GPT-5.6などのAIコーディングエージェントを使ったバイオインフォプログラミングをするために、必要な知識を学ぶためのテキストです。 今回の更新では、全22章を2026年7月時点の内容にアップデートしました。Claude Opus 5/Codex GPT-5.6への対応、本文と実行可能なサンプルコードの同期と自動テストによる継続的な品質チェック、引用・URLのハルシネーションの大幅修正をしました。 github.com/dritoshi/ai-bioco… 本書のコンセプトは「はじめに」、前回0.4.0からのアップデートは CHANGELOG.md をご覧ください。
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現時点での雑感。Claude code のFable 5でオペレーションして、実装レビューループをFable 5からcodex GPT 5.5に投げるのが今のところいい感じ。雑指示で自走してくれる感がこれまでモデルと違う使い味だ。実装レビューはFableで何回ループしてもGPT 5.5で見つけられるものを見つけられない。そもそも実装をGPT 5.5に託すのもいいかもしれない。科学的判断力がマシになっているかは試すネタがなく不明。ライフサイエンス業界でも早く使えるようになってほしい
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GPTでなくopusでもいいかもしれないが単純に試してない
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応募締め切り:2026年8月31日17時書類必着 着任:2026年12月1日以降なるべく早く 給与参考値:特任助教の場合で額面500万強/年 各種保険・交通費:有 任期:単年度更新(最大2029年3月末) ※資金獲得が順調だともっと少し伸びるかも 勤務地:日吉 応募資格:博士または修士の学位、他リンク先参照
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BioSkill-Legacy は、ライフサイエンス実験における熟練者の暗黙知(プロトコルに書かれない判断・コツ・経験則)を収集し、構造化し、次世代に継承できる形へ変換するプロジェクトです。 集まった知見・失敗事例の傾向を毎月還元する月次フィードバック(ライブ配信)の初回をこのあと17時から行います!
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ライブ中です。熟練研究者の判断・コツなどプロトコルに書かれない「暗黙知」を集め、構造化し、次世代へ残すプロジェクトについて話をしています。 youtube.com/watch?v=v_sp2heW…
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2026年はいま「スタートアップ不毛の時代」と言われ、おそらく10年後「スタートアップの変節点」と評されます。 ANRIはより確か「でない」起業家、事業、技術に近付いていきたいとおもいプレシードプログラムをスタートしています。
ANRIが、シード期の会社に投資する6号ファンドを立ち上げました。目標は300億円です。 この内容が日経バイオテクに載りました。是非ともお読みください! 今回の記事のポイントは、300億円という規模ではありません。 「何に賭けるか」の考え方にあると、ANRIでは考えています。 ANRIは今回、「スタートアップとは何か」を、 もっと手前から見にいくと決めました。 スタートアップというと、急成長するテクノロジー企業、というイメージが強いですが、もしかすると、街の八百屋かもしれませんし、近所の飲食店の可能性もあります。 もしかすると、まだ会社をつくっていない研究者かもしれません。 そういった、まだ誰も「スタートアップだ」と気づいていないような会社に先に出会いにいく、ということこそが、スタートアップのシード期への投資、というふうに考えています。 それを踏まえて、数百万円から出せる「プレシードプログラム」を、始めています。 特に力を入れているのは研究者の方への投資で、「研究者がもっと輝ける社会にしたい」という思いから、まだスタートアップだと認識されていないような人たちと出会い、AIでは正解が出ないようなものに対して一緒に取り組みたいと思っています。 日本の面白いサイエンスを、海外ではなく日本で育てたい、という思いのファンドです。是非とも記事を読んでください。 記事はコメント欄へ
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明日6/11です!
[拡散希望]AI4S研究やAIのための大規模データ取得実験技術の開発を一緒に行いませんか? 東京科学大学 難治疾患研究所では、2026年6月11日(木)14時から大学院入試説明会を開催します。この大学院入試説明会では、難治疾患研究所や大学院受験について説明を行い質問等にお答えします。 大学院を受験される方はもちろん、当研究所にご興味がある方は広くご参加いただけます。説明会後はラボ訪問やAIロボット実験施設の見学ができます。是非ご参加ください! forms.cloud.microsoft/r/R0MG…
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東京科学大学 難治疾患研究所(文京区湯島)では2026年6月11日(木)14時から大学院入試説明会を開催します。この大学院入試説明会では、難治疾患研究所や大学院受験について説明を行います。当研究室や研究所、大学院にご興味がある方はぜひご参加ください!
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[拡散希望]AI4S研究やAIのための大規模データ取得実験技術の開発を一緒に行いませんか? 東京科学大学 難治疾患研究所では、2026年6月11日(木)14時から大学院入試説明会を開催します。この大学院入試説明会では、難治疾患研究所や大学院受験について説明を行い質問等にお答えします。 大学院を受験される方はもちろん、当研究所にご興味がある方は広くご参加いただけます。説明会後はラボ訪問やAIロボット実験施設の見学ができます。是非ご参加ください! forms.cloud.microsoft/r/R0MG…
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[調整中予告] 2026年7月22日18時から、渋谷QWS(予定)で、慶應義塾大学「責任ある研究・イノベーション」センター(KEIO-RRI)のキックオフELSI/RRI Meetupイベントをします! ゲストも豪華です。 ちょっと最終調整中ですが、もろもろ確定次第、近いうちに情報公開します!
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[拡散希望]どうして生命科学実験は再現しないことがあるのか、どうして実験の上手い下手があるのか、どうしたら再現の良い実験を上手にできるようになるのか。世界最高性能の実験技術を開発するラボが、AIやフィールドワークを駆使してこの謎に迫ります。ぜひ一緒にやりましょう。jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJo…
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実験動画撮影システムの開発、実験動画や発話、インタビュー、実験後の感想戦などから、VLM/LLM解析を駆使して暗黙知を形式知に変換します。この形式知とラボ環境情報・実験ノート情報を統合します。これらの情報をもとに、AIによる実験サポートシステム、自動実験、教育ツールを実装します。研究の概要はこちらをご覧ください。 yodosha.co.jp/jikkenigaku/ar…
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大泉市長の、寅沢風力発電の開発は問題が多すぎると言う発言が、背中を押してくれた結果、大勢の方が署名に参加してくれました。 もちろん僕も署名をさせていただきました。 あの綺麗な自然を守りたいです。 GLAYが落ち着いたら函館市民に戻ろうと考えているので、今後も函館に関わっていけたらと思ってます。
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実験医学5月号が増刷になったとのことです! よく考えると、月刊雑誌の増刷ってなんだよ、とは思いますがめでたいですね yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo…
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