Ph.D., D.V.M., Professor at U. Osaka. AI for viral infectious diseases. 大阪大学 微生物病研究所 附属バイオインフォマティクスセンター 教授
Osaka, Japan
Joined November 2018
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By rapidly quantifying interferon-stimulated genes (ISGs) expression across 220k RNA-seq data sets from diverse animals, we comprehensively identified “hidden viral infections” in wildlife and livestock (1/n).
biorxiv.org/content/10.64898…
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大阪大学 微生物病研究所 生体統御分野（石谷研究室）研究員募集
【応募締切】2026年12月31日必着
※適任者の採用が決まり次第、募集を締め切ります。
jsdb.jp/blog/article.html?pa…
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DRY解析をはじめるときに必須の「環境構築」を実験医学最新号で解説しています！
引用のデータ解析系書籍で勉強する前に、おすすめの特集です💻
condaやmambaを自機へ導入するために必要な基礎知識を、15分で読めるボリュームでまとめています。
この記事の概論を、〜10月26日まで限定で0円購読できます↓
yodosha.co.jp/jikkenigaku/ar…
【拡散希望】新作プレプリントが出ました！宿主遺伝子発現プロファイリングに基づき、野生動物・家畜から見つかった新規ウイルスの性状を推定する手法「ViroChart」を開発しました。川崎先生 @J_191206 の力作です！詳細は川崎先生のツリーをご覧ください🦠💻（1/n）
biorxiv.org/content/10.64898…
新しい研究成果をbioRxivに公開しました！🦠
virome解析でウイルスを検出するだけでなく、同じデータから宿主応答を定量化し、ウイルスの性質を評価する手法「ViroChart」を開発しました。
biorxiv.org/content/10.64898…
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我々はNextパンデミックウイルスの探索を目的に、宿主遺伝子発現応答に基づくウイルス探索・性状推定という新たな潮流の確立を目指しています。ISG Profiler（前作）とViroChart（今作）はその先駆けで、今後もこの潮流を推進していきます！（2/n）
biorxiv.org/content/10.64898…
当研究室ではAI for infectious diseasesを進めており、特にワクチン抗原デザインとNextパンデミックウイルス探索のためのAI開発に注力しています。大学院生、学振PD、ポスドク、特任助教を募集中ですので、お気軽にDMorご連絡ください！（3/n）
sites.google.com/view/virus-…
New preprint! We developed ViroChart, a method that infers the properties of novel viruses detected in wildlife and livestock from host gene expression profiles. Fantastic work led by Junna @J_191206 ! See the quoted post for details 🦠💻 (1/n)
biorxiv.org/content/10.64898…
Our latest work is now on bioRxiv! 🦠
ViroChart: Quantitative host-response mapping enables phenotypic profiling of viruses detected by virome sequencing.
biorxiv.org/content/10.64898…
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Our goal is to establish a new paradigm for virus discovery and characterization based on host transcriptional responses, aimed at finding the next pandemic virus. ISG Profiler (previous work) and ViroChart (this work) are the first steps, and we’re pushing this forward! (2/n)
Our lab works on AI for infectious diseases, with a focus on vaccine antigen design and the search for next pandemic viruses. We’re recruiting graduate students, JSPS PDs, postdocs, and project assistant professors — DM us anytime! (3/n)
sites.google.com/view/virus-…
ウイルス x AI研究のRising starである、Spyros Lytras @SpyrosLytras とLiam Brierley @L_Brierley のセミナーを開催します！
ご興味ある方はぜひご参加ください！！🦠💻
11/16(月)午後4時～
微研ホール@大阪大学微生物病研究所
11/16(月)午後4時～セミナーを開催します。
RIMD セミナー： Dr. Spyros Lytras & Dr. Liam
【詳細】
biken.osaka-u.ac.jp/news_top…
#大阪大学微生物病研究所 #微研 #RIMD #セミナー開催 #ウイルス進化研究 #ウイルス感染症学 #バイオインフォマティクス
Welcome back, Spyros @SpyrosLytras!
Welcome, Liam @L_Brierley!
Really looking forward to the seminar!! Let’s go eat some delicious Osaka food! 🍣🍜🥟🍺
[Nobember 16th] RIMD Seminar
Dr. Spyros Lytras Spyros Lytras & Dr. Liam Brierley
biken.osaka-u.ac.jp/en/news_…
#RIMD #TheUniversityOfOsaka #UOsaka #Seminar
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エゾウイルスを媒介するマダニを実験的に検証したプレプリントが公開されました。エゾウイルスは2019年に見つかって以降、様々なマダニから見つかっていますが、どのマダニが媒介するか不明なままで、状況証拠しかありませんでした。今回、シュルツェマダニが特に媒介能が強いと示すことができました。
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Here is the English version of the flyer!
こちらの国際シンポを年会幹事の先生方と企画させて頂いています。海外ゲストとして、ゲノム言語モデルEvoの開発チームを率いていらっしゃる @BrianHie , SeqHubなどゲノム微生物学の言語モデル活用で有名な@tatta_bio のCEO, @ancornman1 にご来日・講演頂けることになりました！日本からも↓
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こちらの国際シンポを年会幹事の先生方と企画させて頂いています。海外ゲストとして、ゲノム言語モデルEvoの開発チームを率いていらっしゃる @BrianHie , SeqHubなどゲノム微生物学の言語モデル活用で有名な@tatta_bio のCEO, @ancornman1 にご来日・講演頂けることになりました！日本からも↓
非会員でも国際シンポジウムをオンライン視聴できる参加枠（有料）を用意しておりますので、学会会員非会員に関わらず微生物分野の生成AI研究の最前線にご興味がおありの方はご参加いただけますと幸いです。smartconf.jp/content/sgmj27/…
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非会員でも国際シンポジウムをオンライン視聴できる参加枠（有料）を用意しておりますので、学会会員非会員に関わらず微生物分野の生成AI研究の最前線にご興味がおありの方はご参加いただけますと幸いです。smartconf.jp/content/sgmj27/…
AMED-CREST「個人差」領域に採択いただきました。免疫状態の大規模プロファイリングを起点に、個々人と集団を最もよく守るワクチン抗原を直接設計するAI技術を創出します。5年半、全力で走りきります！🦠💻
amed.go.jp/koubo/03006/01/C_…
当研究室では特任助教or特任研究員を若干名募集します。1枠は本課題に紐づくポジションです。深層学習をウイルス・ワクチン・感染症研究に応用したい方、腰を据えてじっくりと研究に取り組みたい方を募集しています！
biken.osaka-u.ac.jp/news_top… biken.osaka-u.ac.jp/news_top…
【拡散希望】当研究室では特任助教or特任研究員を若干名募集します。ワクチン抗原最適化AIや種間比較RNA-seq基盤モデルの開発など、深層学習関連のプロジェクトを進めてくれる方を募集します。ご興味のある方はお気軽にお問い合わせください！1/n
biken.osaka-u.ac.jp/news_top…
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加えて、特任事務職員も1名募集しております。ご興味のありそうな方が近くにおりましたらぜひご共有いただけますと幸いです。
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