バイオテクノロジーコミュニティ「BioSpace」運営 | ブログ・Udemy・note で情報を発信 | トピックは、バイテク・創薬・機械学習・DAO・メタバースなど | 「BioTechnology for Citizens」を目指して活動 | 創薬研究従事 |
Joined August 2020
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しんしあ@バイオテクコミュニティ「BioSpace」モデレーター retweeted
AI創薬に関する新しい記事が公開されました！ 本記事は第2/5章でPDBからスクレイピングによるDB抽出を行なっています。コードコピペでできるので、是非挑戦してみてください！ labo-code.com/bioinformatics…
＃LabCode
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論文解説AI「Paper Interpreter」に、「インターネットアクセス機能」を追加しました！
これまで利用できるのはPDFだけでしたが、論文サイトのURLだけでも解説できるようになりました！
ますます便利になった新Paper Interpreter、ぜひ使ってみてください😊
chat.openai.com/g/g-hxDOCBQr…
しんしあ@バイオテクコミュニティ「BioSpace」モデレーター retweeted
こんなプレプリントを公開しています。
（押しかけ紹介、失礼します。）
xitter.cf/Jxiv_jst/status/173736…
The Synonymous Codon Usage of a Protein Gene Is Primarily Determined by the Guanine + Cytosine Content of the Individual Gene Rather Than the Species to Which It Belongs To Synthesize Proteins With a Balanced Amino Acid Composition
doi.org/10.51094/jxiv.561
#Jxiv
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"The Protein Engineering Tournament: An Open Science Benchmark for Protein Modeling and Design"
"A fully-remote, biennial competition for the development and benchmarking of computational methods in protein engineering" Hope you'll all participate!
arxiv.org/abs/2309.09955
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これ youtube.com/playlist?list=PL… とかですかね。私も学生にRosettaを勉強してもらう際にはこれらの動画を観てもらっています。
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ML Papers Explained
機械学習論文の分類学。
表データの深層学習からLLMまで、機械学習で重要な概念と論文概要がまとめられている。
github.com/dair-ai/ML-Papers…
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"AlphaFold2 can predict single-mutation effects" has been updated
Rather than use pLDDT, which does not work, these authors use a local strain score to predict the effect of mutations
biorxiv.org/content/10.1101/…
github.com/mirabdi/PDAnalysi…
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LabCode７冊目の技術書がリリースされました！
分子ドッキングやMDシミュレーションなど、自宅でできるin silico創薬の解析方法をに解説したものになります！
プログラミング初心者の方や創薬を知りたいエンジニアの方を対象としています！
確立された手法から最先端の手法までカバーしていますよ！
今なら70%オフの価格！
これから内容を増やしていくたびに価格が上がるので、今がお買い得です！
zenn.dev/labcode/books/ar7sn…
#LabCode
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自動実験のソフトに関する論文。
ベイズ最適化などのAIアルゴリズムとロボット操作をpythonで設計できる自動実験のライブラリがNIMSさんから公開されたそうです。GUIにも対応してる。
こうしたつなぐ技術は普及のために重要。今後のロボット操作モジュールの追加が楽しみ。
tandfonline.com/doi/full/10.…
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"Exploring "dark matter" protein folds using deep learning"
Designing small proteins with unique topologies by coupling a VAE to trRosetta
biorxiv.org/content/10.1101/…
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Today we report in @CellCellPress a suite of engineered and PACE-evolved prime editor variants PE6a-g. These new prime editors improve the activity, in vivo deliverability, and in vivo editing efficiency of prime editing.
sciencedirect.com/science/ar…
PDF:drive.google.com/file/d/1195…
(1/15)
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An antibody language model that gets better structure predictions and finetuning results by focusing on the most variable residues and aligning functional regions.
Hongtai Jing, Zhengtao Gao ... Siqi Sun
arxiv.org/abs/2308.16713
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ピペッティングがめんどくさいからボルテックスしてるっていうのを見かけたので、TOYOBOさんの逆転写酵素をボルテックスしてみたっていう記事笑
やっぱり酵素とか抗体をボルテックスするのはよろしくなさそう。
ボルテックスってどれくらいまでかけたらダメなの? lifescience.toyobo.co.jp/pag…
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"Rationally seeded computational protein design"
"The designed proteins have accessible central channels that hit a sweet spot for small-molecule binding and, thus, are ripe for functionalisation"
biorxiv.org/content/10.1101/…
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Defining a longevity biotechnology company
go.nature.com/4306ToB
rdcu.be/dfpKr
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BSAを変性させて強力接着剤が作れるらしい
Synthesis of robust underwater glues from common proteins via unfolding-aggregating strategy. Nat Commun 14, 5145 (2023). doi.org/10.1038/s41467-023-4…
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"Modeling membrane geometries implicitly in Rosetta"
Introduces implicit membranes with nonplanar geometries, a much-needed addition to the Rosetta modeling ecosystem
biorxiv.org/content/10.1101/…
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"De novo design of buttressed loops for sculpting protein functions"
Structured design of loops ranging in size from 9-14 amino acids
biorxiv.org/content/10.1101/…
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"H3-OPT: Accurate prediction of CDR-H3 loop structures of antibodies with deep learning"
Combination of ESM2 and Alphafold for antibody modeling. This study finds that templates remain the best way to model long CDRH3 loops
biorxiv.org/content/10.1101/…
